居家办公期间，不可以只发最低工资。具体分析如下：
一、各地关于居家办公期间工资发放的规定
北京：
北京市人民政府建议居家办公期间的工作时间、劳动报酬等事宜，鼓励用人单位与劳动者协商确定，但员工工资水平不得低于本市最低工资标准。即北京市最低工资为2320元/月，这是底线，不能突破。
上海：
上海市人社局发布政策，对于因政府采取管控措施导致不能提供正常劳动的劳动者，企业应尽可能协商解决工资待遇问题。若劳动者被隔离，企业需按正常劳动支付其隔离期间的工资。
江苏徐州：
徐州市人社局规定，因政府采取紧急措施导致企业停工停业或劳动者不能返岗的，企业可与工会或职工协商延期支付工资，但延期时间不超过30天，并未提及只发最低工资的情况。
浙江：
浙江省明确，对新冠肺炎患者、疑似病人、密切接触者被隔离期间，企业应视同提供正常劳动并支付工资。对于因政府采取紧急措施不能按期返岗的职工，企业应按劳动合同约定的标准支付工资，超过一个工资支付周期的，按不低于当地最低工资标准的80%发放生活费。
广东湛江：
湛江市人社局回应，对于因政府采取紧急措施导致劳动者不能返岗的，应区分不同情况处理。若劳动者未返岗且不能通过其他方式提供正常劳动的，企业应与劳动者协商工资支付事宜。在一个工资支付周期内的，按劳动合同约定的标准支付；超过一个工资支付周期的，由企业发放生活费，生活费按不低于当地最低工资标准的80%支付。
其他城市：
若当地没有发布明确关于居家办公期间工资发放的规定，则按照《人力资源社会保障部办公厅关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》执行。该通知规定，停工停产超过一个工资支付周期的，如果员工没有上班，企业可以按照最低工资标准的75%给员工支付生活费，但并非只发最低工资。
二、总结
三、居家办公管理制度中的工资发放建议
综上所述，居家办公期间，企业不能单方面决定只发最低工资，而应遵循与劳动者协商确定的原则，并确保工资水平不低于当地最低工资标准。同时，企业应制定明确的居家办公管理制度，规范工资发放等相关事宜。
