长期腹泻应针对病因治疗：
一、抗感染，根据不同的病原体选用不同的抗生素。
二、乳糖不耐受症不宜应用乳制品，成人乳糜泻应禁食麦类制品。
慢性胰腺炎可补充多种消化酶，药物相关性腹泻应停用有关药物，消化道肿瘤可手术切除或化疗，生长抑素及其类似物可抑制肿瘤分泌激素，用于类癌综合征及其他神经内分泌肿瘤引起的腹泻，炎症性肠病可选用氨基水杨酸类药物，糖皮质激素及免疫抑制剂治疗。
其次对症治疗：
一、一般治疗，纠正水、电解质酸碱平衡紊乱和营养失衡，可酌情口服或静脉补充液体、补充维生素、氨基酸、脂肪乳等营养物质。
二、粘膜保护剂，如硫糖铝等可用于感染性或非感染性腹泻。
三、微生态制剂，如双歧杆菌可用于调节肠道菌群。
四、止泻剂，可待因、复方地芬诺酯、洛哌丁胺等，因这些药物可以引起肠动力障碍，使致病菌定植和侵袭，延长排泄时间，故不能用于感染性腹泻。
