在《火影忍者：异族崛起》第三章中，主要有两个任务需要玩家完成：1. 提升纲手的能力：首先找到纲手并点击和她战斗，然后点击忍术，选择人数心灵控制攻击纲手。施放忍术后下一个阶段配合一个基础攻击，最后施放一个手里剑炸弹就可以击败纲手，将纲手打败后，就可以把纲手升到5级了。2. 提升天天的能力：首先需要在训练场找到天天并与她进行两次对话，完成一系列的小游戏后，才能控制天天的行动。每天晚上通关训练可以提高天天的FC程度，不同的FC程度可以完成不同的任务。例如，FC程度达到100后，需要到火影办公室、体育馆、澡堂收集线索并盖章，然后再找到天天交谈。FC程度达到250后，可以在训练场选择训练，与天天战斗并战胜她。FC程度达到400后，可以带着天天去见萨鲁，如果是第一次见面的话，需要先单独见萨鲁一次。FC程度达到500后，天天的等级会自动解锁到五。此外，小樱制作了一种特殊的药物，找到天天并给她一些药物，每次最多可以给三片。使用药物后再与天天聊天，会有额外的对话内容。
