影响隐脑预后的因素与年龄、病程、起病过程、原有基础病、应用激素及免疫抑制剂等相关。
1、年龄：隐脑患者随着年龄的增长预后越差，可能与免疫状态及体质改变有关。小于2岁的患儿由于病情进展快，早期症状不典型，易误诊而在短期内死亡；
2、病程：确诊前病程越长死亡率越高，后遗症严重；
3、起病过程：急性起病者多因脑脊液中隐球菌量多，毒力强有关，故病情凶险预后不良；
4、原有基础病：因这些患者长期持久地用广谱抗生素治疗，对霉菌的生长和扩散起一定作用；
5、应用激素及免疫抑制剂：易掩盖头痛、发热、高颅压等早期症状，推迟就诊时间；
6、颅外有隐球菌感染者：预后明显不佳，隐脑原发病灶以肺部居多，中枢神经系统症状可在肺部感染消失数月至数年后出现，应予以警惕；
7、脑脊液：压力；脑脊液细胞与菌量；脑脊液细胞类型等。
