芭洛特学会了把自己的心封闭在 壳里，渐渐的习惯了日复一日封闭自己的生活。，在身陷 SHELL设下的陷阱中险些丧命，幸好被正在执行任务的长官Doctor和Mouse万能行兵器Ufucock所救，之后巴洛特就被赋予使用被禁止的科技的权利。按照紧急法令Mardock Scramble09规定，救助你生命的同时也会给予你强大的电子干涉能力，随后巴洛特就开始了寻找Doctor一行及追捕SHELL的旅程。
追捕过程中，负责SHELL事件的调查官BOILED受到狙杀。了解如何使用力量，却又因自己仅仅是作为工具存在而感到卑微的Ufucock，她的纤细温柔触动了巴洛特，紧闭的心扉开始破茧而出，但其中的得失又会是些什么？
