古时鳄鱼屿原为麝圊山头村的属地。据传林希元在调任南京大理寺丞时，曾回乡探亲。时洪朝选年方十六，前往拜谒林希元，并拿出所作诗文请教，林希元惊叹曰：“非人间凡品也！”遂将其侄女林瑞英许配与他，并把鳄鱼屿当作嫁妆陪嫁，故古时洪厝年年要向琼头收取地租供祭祀之用，直到解放后方将鳄鱼屿划归琼头管理。 相传很久以前，同安沿海刘五店海面上，有一条非常凶恶的鳄鱼。这条鳄鱼经常在海面上兴风作浪，把打渔人的船只翻到海底，有时还会化成美女到县衙杀害县官。
南宋绍兴二十三年，朱熹到泉州府同安县担任主簿。对于鳄鱼精的危害，朱熹早有耳闻，所以特别小心提防。每天从高土轩到县衙办公，都要倒退身子走路，生怕鳄鱼精背后伤人。
一天夜里，鳄鱼精又化成白衣女郎，潜入县衙。朱熹正在灯下伏案批文听到一阵风声，抬头发现这位形迹可疑的女郎，知是鳄鱼精作祟，便把手中的朱砂笔投掷过去，笔尖正刺中女郎肚脐。那女郎“哎哟”惨叫一声，带伤仓促逃跑。
第二天一大早，朱熹带人沿着血迹追查，来到刘五店海边，发现海面上多出一座小岛，原来那是鳄鱼精死后所化。不久后鳄鱼精的尸体形成一个岛屿，这就是今天的鳄鱼屿。
鳄鱼屿上有口淡水井叫脐井，据说这是朱熹用朱砂笔刺破的鳄鱼肚脐，因为朱熹在县衙用甘甜的井水沾笔写字，所以脐井的水是甜的。传说朱熹手上提的朱砂笔，是文昌帝君赐予的神笔，鳄鱼精死后身上长出的幼虫就叫文昌鱼，当地人又把它叫鳄鱼虫。
