目前引物合成方法采用固相亚磷酰胺法，具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺法是将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成，合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的。引物合成需借助DNA合成仪完成。DNA合成仪有很多种，高通量的合成仪可单次合成上百条/千条引物。合成仪的合成原理均相同，主要差别在于合成规模、耦合效率、循环时间及合成质量及纯度的高低。引物合成之后，还需通过氨水高温处理，将连接在CPG上的引物切割下来，通过C18脱盐/OPC/ PAGE/HPLC等纯化方式对引物进行纯化，之后对成品引物进行定量、根据客户需求进行分装。
