食用螺旋藻可能会出现头晕、头疼、拉肚子的副作用，严重的可能会产生过敏反应，如轻度和湿疹，或者出现发烧、呕吐等症状，如果有不适症状，建议立即停用，去医院查明原因，再遵循医生的指导食用。
螺旋藻属于一种水生植物，因其含有丰富的蛋白质和氨基酸，所以市面上也有螺旋藻这种保健品。含蛋白质高达60%-70%，由18种氨基酸组成，其中8种氨基酸是人体必需又不能自身合成的必需氨基酸。
注意保健品不能代替药品。孕妇和哺乳期妇女慎服。这是因为螺旋藻在培育过程中容易受到其他藻类的污染，有些藻类是会产生毒素的，如微囊藻毒素，因此为了胎儿和婴儿健康，不建议食用螺旋藻。
患有人群不宜食用，主要是因为螺旋藻中含有一种名叫的氨基酸，而苯丙酮尿症患者体内苯丙氨缺少，导致人体不能正常代谢苯丙氨酸，因此如果患者食用螺旋藻可能加重病情。
