美国能源部于2000年开始与IBM合作，计划投入经费来研发一台超级计算机，以此探索高性能计算机的设计方向。双方设计开发的结晶就是现在我们所看到的蓝色基因。蓝色基因能够处理大量数据，并针对带宽、可扩展性和计算能力进行了专门的优化，与此同时，它所消耗的能源和占用的空间只相当于今天速度最快系统的一小部分。
2003年，蓝色基因的原型机经过三年研发，终于浮出水面，当年11月它就一举登上TOP500第73名。随后，蓝色基因以半年一个台阶快速占领TOP500排行榜。2004年6月，第4名;2004年11月，第一名，70万亿次浮点运算速度，超越占据第一位置几年之久的地球模拟器。2005年 3月，135万亿次，2005年11月280.6万亿次。
截至2005年11月发布的TOP 500，蓝色基因有19台上榜，前20名就有5台，并稳守冠军亚军。现在全世界速度最快的那台超级计算机蓝色基因安装在美国能源部国家核安全局的劳伦斯·利弗摩尔国家实验室，它在64组机架中安装了131,072颗PowerPC处理器。
蓝色基因是IBM所提供的一套革命性的全新解决方案，在安装时可以选择只装1组机架到64组机架全部装上，能为用户提供一套具有高度可扩展性的解决方案。蓝色基因并不只是一部扩展性极强的超级计算机，效率也非常高。蓝色基因特别设计的体系架构可以高密度部署处理器、内存和互联系统，更低的功耗和更小的占地面积也使其居于业界领先地位。
