第十四条 南科大设理事会、校长、校务委员会和校学术委员会，并根据需要设置必要的学术单位和行政单位等组织机构，按照本办法和章程的规定开展活动。
第十五条 理事会由政府代表，南科大校长及管理团队、教职工等代表和社会知名人士等组成。理事会设理事长和副理事长，理事长由深圳市市长或市长委任的人员担任。理事由市政府聘任。
第十六条 理事会为南科大的决策机构，按照本办法和章程的规定依法履行以下职责：
（一）根据本办法规定聘任或解聘校长；
（二）根据校长提议聘任或解聘副校长；
（三）审定学校章程或章程修改草案；
（四）审定学校的财务预算和决算报告；
（五）审议批准学校中长期发展规划、年度工作计划、年度工作报告；
（六）审议批准学校人员总额以及人力资源管理等重要制度；
（七）审议批准学术单位和行政单位的设立、变更或撤销；
（八）审议批准关系学校发展的其他重大事项。
前款第（三）项应当按规定报国家教育部批准，第（四）项应当报市政府按规定程序批准，第（二）、（五）、（六）、（七）项应当报市政府有关部门备案。
第十七条 理事会会议每年至少召开两次。理事会会议由理事长负责召集和主持，理事长可以根据工作需要或不少于三名理事的书面提议，召集理事会会议。理事长可以委托副理事长代为负责召集和主持。
理事会会议应当有三分之二以上的理事出席方可以举行。理事会作出决议，须经出席会议人员三分之二以上通过。
第十八条 校长是南科大的法定代表人，全面主持学校的教学、科研和其他行政管理工作，对理事会负责，执行理事会决议，履行法律、法规、规章及章程规定的其他职责。
第十九条 理事会根据校长遴选委员会的推荐提出校长人选，报经市政府按规定程序审定后聘任。
校长遴选委员会由政府代表、教职工代表、学生代表、境内外高等教育专家及社会知名人士等组成。设主席一名，由成员选举产生。成员由理事会聘任，其中具有教授或副教授资格的成员所占比例不得少于二分之一。校长遴选委员会提出校长推荐人选后，自行解散。
第二十条 校长每届任期为五年，届满后经理事会同意可以连任；连任两届以上的，应当启动遴选程序并经理事会按相关规定确定。
校长不称职或不能履行职责的，经理事会三分之二以上成员同意提出免去其职务的建议，报市政府按规定程序决定。
第二十一条 南科大可以设若干名副校长，协助校长处理校务。
副校长由理事会根据校长提名聘任。校长卸任后，副校长需由新校长提名并经理事会重新聘任。
第二十二条 校务委员会由校长、副校长、学术与行政单位负责人和教职工代表组成，设主席一名，由校长担任。校务委员会审议与学生相关事项时，应有学生代表列席。
第二十三条 校务委员会对学校教学、科研和行政管理中重大事项进行决策，具体履行以下职责：
（一）审议学校章程或章程修改草案；
（二）审议学校中长期发展规划、年度工作计划和年度工作报告草案；
（三）审议学校财务预算和决算报告草案；
（四）审议批准学校重大财务和资产处置事项；
（五）审议学校人员总额以及人力资源管理等重要制度草案；
（六）审议学术单位和行政单位设置方案及其负责人的任免，并按章程规定的程序办理；
（七）审议批准学科、专业设置，教学、科研计划，招生方案及学术委员会提交的其他各项草案；
（八）章程规定的其他职责。
校务委员会审议涉及学术事项的，应当先经校学术委员会审议通过。
第二十四条 校学术委员会成员由教授会协商产生，其中不担任行政职务的教授代表所占比例应当不少于二分之一。
第二十五条 校学术委员会负责对学校教学、科研等重大学术事项进行审议，具体履行以下职责：
（一）审议学校的学术发展规划；
（二）审议学科、专业的设置方案，教学、科研计划方案；
（三）审议教师、教辅人员的聘用、晋升及解聘事宜；
（四）组织评定教学、科学研究成果；
（五）审议其他学术事项。
第二十六条 南科大设立学术单位。学术单位负责学校内教学和科研有关事务，在学校授权范围内实行自主管理。学术单位负责人应当具有教授资格。
第二十七条 南科大设立行政单位，负责处理具体行政事务，服务教学科研工作。
第二十八条 南科大设立教授会，作为南科大教授进行学术、科研交流，参与大学管理的自治组织，负责协商产生校学术委员会成员。
第二十九条 南科大设立顾问委员会，作为南科大的咨询机构，负责对学校发展重大问题提出意见和建议。顾问委员会成员由国内外知名专家、学者、高级管理人员和工商界人士等组成，由校长聘任。
