1999年哈医大第一临床学院被黑龙江省人事厅定为卫生专业技术人员继续教育基地。2001年哈医大第二临床学院被黑龙江省卫生厅定为卫生专业技术人员继续教育基地。
近年来学校在继续医学教育项目申报工作方面取得了一定的成绩，自1997-2006年申报获批的国家级继续医学教育项目共计124项（1997年5项，1998年获批8项，1999年获批7项,2000年获批7项，2001年获批7项，2002年获批20项，2003年获批12项，2004年获批28项，2005年获批30项，2006年获批34项）。共培训人数3000余人。获批省级继续医学教育项目447项（2001年获批67项，2002年获批47项，2003年获批57项，2004年获批88项，2005年获批78项，2006年获批110项）。与得到卫生部认可的沃和赛腾公司签署了利用“卫生卫星科技教育网”进行远程继续医学教育的合作协议。同济
为完善医学毕业后教育制度，更好地培养合格的临床医学专门人才，我校十分重视住院医师规范化培训工作：1999年成立学校临床住院医师规范化培训委员会，下设17个学科组，共有来自各临床医学院的专家委员近60名；编辑印刷了《哈尔滨医科大学临床住院医师规范化培训手册》，发放到各临床学院；1999年成为卫生部授权颁发临床住院医师规范化培训合格证书的单位；2000年和2003年学校先后出台“哈尔滨医科大学临床住院医师规范化培训方案”和“住院医师规范化培训管理办法”并在全校开始实施。我校较深入细致的开展了临床住院医师的规范化培训工作，并成为黑龙江省唯一获得卫生部授权颁发住院医师合格证书的单位。自2001年至2006年共527人参加了哈尔滨医科大学住院医师规范化培训第二阶段考核，共有455人获得了卫生部授权颁发的住院医师规范化培训合格证书。2002年我校麻醉科、妇产科和耳鼻咽喉科参与完成了卫生部住院医师规范化培训标准研究的子课题研究。
哈尔滨医科大学成教院为省内各医疗单位先后培训了进修员4500余人。2003年非典之后受黑龙江省卫生厅委托，我校继续教育学院顺利承办了三期黑龙江省公共卫生体系医疗救治人员培训班，并取得了良好的培训效果。先后共有来自全省133所县市级医院的277人接受了正规、系统的培训，并获得了黑龙江省卫生厅颁发的“黑龙江省公共卫生体系人员培训岗位合格证书”和10学分省级继续教育学分证书。
