1989年10月，杨健燕开始了她的职业生涯，担任省轻工业厅机关团委书记，负责青年员工的团务工作。随后在1992年7月，她晋升为轻工业厅机关党委副书记，进一步承担起党组织的管理工作。在1996年7月，她的职位进一步提升为机关党委副书记，级别提升至正处级。1998年2月，杨健燕转任省轻工总会财务处处长，期间还参与了重要的挂职锻炼，担任偃师市市委副书记，积累了丰富的行政和领导经验。2000年9月，她开始在教育领域崭露头角，先后担任河南省工业设计学校校长、河南省轻工业职业大学校长及郑州轻工职业学院院长，展现了她在教育管理方面的才能。2003年2月，她进一步担任河南纺织高等专科学校的党委书记，全面负责学校的党务工作和学术领导。2007年8月，杨健燕进入政法管理领域，成为河南省政法管理干部学院的党委副书记和院长，全面主持学院的行政和教学管理工作。2008年10月，她开始主持河南省政法管理干部学院的党政全面工作，显示了她在多领域领导能力的提升。2010年10月，杨健燕的事业进一步发展，她被任命为河南财经政法大学党委书记，这一职位标志着她在高等教育领域的领导角色。
