美国队长2的两个彩蛋分别是尼克福瑞被揭示为斯克鲁尔人的替身，以及揭示了冬日战士的真实身份。
第一个彩蛋：在电影的最后，当美国队长和黑寡妇回到神盾局的总部时，他们发现尼克福瑞的办公室空无一人。镜头切换到福瑞的专车，车窗上反射出的是斯克鲁尔人的标志，揭示尼克福瑞其实是一个斯克鲁尔人的替身。这个彩蛋为观众留下了巨大的悬念，对漫威宇宙产生了巨大冲击。
第二个彩蛋：在电影的字幕滚动完毕后，观众看到了一段短视频，视频中显示了一个戴着面具的人在进行训练，这个人的声音正是冬日战士的配音，从而揭示了冬日战士的真实身份是美国队长的老友巴基·巴恩斯。巴基在之前的任务中受到了心灵控制，成为了冬日战士，为神盾局的对立面效力。这个彩蛋解答了观众对于冬日战士身份的疑惑，同时也为接下来的剧情埋下了伏笔。
